據(jù)《藥師琉璃光如來(lái)本愿功德經(jīng)》記載，藥師佛在因地修行菩薩道時(shí)，曾發(fā)十二大愿，愿為眾生解除疾苦，使具足諸根，趨入解脫，故依此愿而成佛，住凈琉璃世界，其國(guó)土莊嚴(yán)如極樂(lè)國(guó)。

　　《藥師十二大愿贊偈》：十二大愿，饒益有情，密咒加持德難名，禮念愿圓成，怨業(yè)冰清，壽永�；�宏。

第一大愿：相好如我愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得阿耨多羅三藐三菩提時(shí)，自身光明熾然，照耀無(wú)量無(wú)數(shù)無(wú)邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴(yán)其身；令一切有情，如我無(wú)異。

　　解讀：在其來(lái)生得無(wú)上正等正覺(jué)時(shí)，使身體充滿(mǎn)光明，莊嚴(yán)美好，而且使眾生也如同自己一樣。

第二大愿：身光利他愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，身如琉璃，內(nèi)外明徹，凈無(wú)瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網(wǎng)莊嚴(yán)過(guò)于日月；幽冥眾生，悉蒙開(kāi)曉，隨意所趣，作諸事業(yè)。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，身體明凈，功德無(wú)量，使眾生得到開(kāi)示，能夠隨心所欲。

第三大愿：資生無(wú)盡愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，以無(wú)量無(wú)邊智慧方便，令諸有情，皆得無(wú)盡所受用物，莫令眾生有所乏少。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，具有佛教無(wú)量的智慧和方便，使眾生得到無(wú)窮無(wú)盡的可使用的物品。

第四大愿：安住菩提愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，若諸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨(dú)覺(jué)乘者，皆以大乘而安立之。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，使眾生中有錯(cuò)誤觀念的人都得到覺(jué)悟；使佛教中持小乘思想的人都趨入大乘。

第五大愿：戒行清靜愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，若有無(wú)量無(wú)邊有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設(shè)有毀犯，聞我名已，還得清凈，不墮惡趣。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，如果眾多有情皈依佛教修梵行時(shí)，都能守戒。如果犯了戒，一旦聽(tīng)到藥師如來(lái)之名，就能得到清凈，免于墮入惡道。

第六大愿：諸根完具愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，若諸有情，其身下劣，諸根不具，丑陋頑愚，盲聾喑啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦。聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無(wú)諸疾苦。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，使那些身有殘疾，形態(tài)丑陋，有諸病苦的人，聞我名已，都能身體健康，形態(tài)端莊，消除種種疾苦。

第七大愿：安康樂(lè)道愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，若諸有情，眾病逼切，無(wú)救無(wú)歸，無(wú)醫(yī)無(wú)藥，無(wú)親無(wú)家，貧窮多苦。我之名號(hào)一經(jīng)其耳，眾病悉除，身心安樂(lè)，家屬、資具悉皆豐足，乃至證得無(wú)上菩提。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，使那些貧病交迫，窮困潦倒，無(wú)家可歸者，能夠在聽(tīng)了藥師如來(lái)的名號(hào)之后，可以病痛消除，有家有財(cái)，身心安樂(lè)，獲得無(wú)上的覺(jué)悟。

第八大愿：轉(zhuǎn)女成男愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，愿舍女身。聞我名已，一切皆得轉(zhuǎn)女成男，具丈夫相，乃至證得無(wú)上菩提。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，那些為女人百惡所逼迫煩惱而不想再作女人者，一聽(tīng)到我的名號(hào)，轉(zhuǎn)變成男人，并獲得無(wú)上覺(jué)悟。

第九大愿：改邪歸正愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，令諸有情，出魔罥網(wǎng)，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見(jiàn)稠林，皆當(dāng)引攝置于正見(jiàn)，漸令修習(xí)諸菩薩行，速證無(wú)上正等菩提。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，使那些墮入魔鬼之網(wǎng)和外道邪見(jiàn)的眾生，都能獲得解脫，接受正見(jiàn)，修菩薩行，達(dá)到最高的覺(jué)悟。

第十大愿：免難消災(zāi)愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當(dāng)刑戮，及余無(wú)量災(zāi)難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂(yōu)苦。

　　解讀：在其來(lái)世覺(jué)悟時(shí)，使那些在世俗社會(huì)中犯了王法而身陷牢獄，面臨刑罰的人，一聽(tīng)到藥師如來(lái)的名號(hào)時(shí)，可以擺脫這些災(zāi)難痛苦。

第十一大愿：得妙飲食愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業(yè)。得聞我名，專(zhuān)念受持，我當(dāng)先以上妙飲食飽足其身，后以法味畢竟安樂(lè)而建立之。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，使那些為饑渴逼迫而造惡業(yè)者，聽(tīng)聞藥師如來(lái)的名號(hào)，得以食飲飽餐，并賦予佛教妙法，使其獲得安樂(lè)。

第十二大愿：得妙衣具愿

　　經(jīng)文原文：愿我來(lái)世得菩提時(shí)，若諸有情，貧無(wú)衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱。若聞我名，專(zhuān)念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴(yán)具、華鬘、涂香、鼓樂(lè)、眾伎，隨心所玩，皆令滿(mǎn)足。

　　解讀：在其來(lái)生覺(jué)悟時(shí)，使那些因貧困無(wú)衣而受苦者，聞聽(tīng)藥師如來(lái)名號(hào)，獲得各種上好的衣服以及種種裝飾物和娛樂(lè)物品，滿(mǎn)足人的種種愿望。